1948'de Ordu'da doğdu. 1969'da İstanbul Üniversitesi Hukuk Fakültesi'ni bitirdi. Öğrenciliğinden itibaren toplumsal olaylarla yakından ilgilendi.
1970'li yıllarda Ordu'da avukatlığa başladı. CHP Genel Merkezi'nin 50. kurtuluş yılı nedeniyle açtığı yarışmada "Devlet Partisi'nden Halk Partisi'ne " başlıklı yazısıyla "birincilik" ödülü aldı.
1974-1977 arasından CHP Ordu İl Başkanlığı, 1977-80 döneminde Ordu Milletvekilliği yaptı. 1980'lerden sonra SHP'de Ankara İl Başkanlığı (1986-87) ve Genel Sekreter Yardımcılığı (1990-91) görevlerinde bulundu.
CHP'nin siyasal yaşama yeniden dönüşü üzerine CHP'de yer alarak 9 Eylül 1992'den 1994 sonuna kadar Genel Sekreterlik yaptı. Bu tarihten itibaren Parti yönetimiyle derin görüş ayrılıkları oluştu.
1995 Ağustosunda Yugoslavya iç savaşının kritik günlerinde çeşitli düşünce çevrelerinden bir araya gelerek Bosna'ya giden aydınlara öncülük etti.
1999 Genel seçimlerinde CHP'nin Meclis dışında kalması üzerine yeniden aktif siyasete döndü. Genel Başkanlığa aday oldu. Parti yönetimi ile görüş ayrılıklarının sürmesi üzerine CHP'den ihraç edildi.
"Bosna İçin İnsanlık Girişimi" , Doğu Konferansı" ve "Yeni Siyaset Girişimi " gibi sivil girişimlere de öncülük eden Günay'ın "Bosna Yazıları" ve "Karşı Siyaset" adıyla yayınlanmış iki kitabı ve çeşitli gazete ve dergilerde hukuk ve siyaset konularında yayınlanmış çok sayıda makale ve söyleyişi bulunmaktadır.
2007 Seçimleri öncesinde Cumhurbaşkanlığı seçimi konusunda yeni bir yorumla oluşturulan Anayasa Mahkemesi kararına ve ortaya çıkan demokrasi dışı eğilimlere karşı çıkan Ertuğrul Günay, bu süreçte AK Parti'ye katılarak İstanbul Milletvekili seçildi.